Em uma pequena ilha no Grande Mar, um jovem garoto acorda no dia do seu aniversário sem a menor ideia da aventura que o aguarda. Quando a irmã de Link é sequestrada e levada para a Fortaleza Esquecida, ele parte em sua busca – acompanhado pela pirata Tetra e sua tripulação. Quando está prestes a resgatar sua amada Aryll, Link é lançado ao mar, onde encontra o Rei dos Leões Vermelhos, um sábio barco que fala sobre as lendárias pérolas das deusas. Juntos, eles navegam pelo Grande Mar em uma missão crucial para salvar o mundo da escuridão.